"BİTKİ PATOLOJİSİNDE BİYOİNFORMATİK ANALİZLER UYGULAMALI EĞİTİMİ"
27 Eylül 2021 Pazartesi
09:00 – 10:30 Mikrobiyal Genetik (Teorik) (EE)
Ders İçeriği: Bitki patojeni virüs, bakteri ve fungusların genom yapılarının anlatılması, genetik materyalinin çoğaltılıp eşleştirilmesi gibi genetik detaylarının anlatılması ile mikrobiyal genom hakkında temel bilgilerin verilmesi hedeflenmiştir.
10:30 – 11:00 Çay - Kahve Arası
11:00 – 12:30 DNA Dizileme Teknolojileri ve Çalışma Prensipleri (Teorik) (Bİ)
Ders İçeriği: DNA dizilemesinin temelleri anlatılacak olup günümüze kadar kullanılan teknolojilerin prensipleri kıyaslamalı olarak anlatılacaktır.
12:30 – 14:00 Öğle Yemeği
14:00 – 15:30 Genom Veri Bankaları (Teorik) (Bİ)
Ders İçeriği: Genom veri bankaları (Ensembl, NCBI, UCSC) ve metabolik yolak ve gen fonksiyonu veri bankaları (Gene Ontology ve Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome) hakkında bilgiler.
15:30 – 16:00 Çay - Kahve Arası
16:00 – 17:30 Genom Veri Bankaları (Uygulama) (Bİ)
Ders İçeriği: Genom veri bankaları (Ensembl, NCBI, UCSC) ve metabolik yolak ve gen fonksiyonu veri bankaları (Gene Ontology ve Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome)'nın kullanımı, veri bankalarında sorgulama ve sonuçların yorumlanması ile ilgili bilgisayar üzerinden bireysel uygulama yapılacaktır.
28 Eylül 2021 Salı
09:00 – 10:30 Bitki Patolojisinde Filogenetik, Biyoinformatik ve DNA Analizleri (Teorik) (EE)
Ders İçeriği: Filogenetik, evrim ve biyoinformatiğin bitki patolojisi açısından önemi ve kullanımı, sekans verisi, konsensus oluşturma, nükleotid dizilerinin çevrilmesi, hizalama, filogenetik ağaç ve terimleri ile kullanılan metotlar (NJ, ML, ME, UPGMA) hakkında detaylı bilgiler anlatılacaktır.
10:30 – 11:00 Çay - Kahve Arası
11:00 – 12:30 DNA Analizleri (Uygulama) (EE)
Ders İçeriği: DNA dizilerinin eldesinden sonraki her bir basamak biyoinformatik araçlar (Chromas, Sequence manipulation suite, Bioedit, Mega) kullanılarak bir prokaryotik bir de ökaryotik organizma verileri ile bilgisayar üzerinden bireysel uygulamalı olarak yapılacaktır.
12:30 – 14:00 Öğle Yemeği
14:00 – 15:30 Filogenetik Analizler (Uygulama) (EE)
Ders İçeriği: Virüs, Fungus ve Bakteri genomlarına ait DNA dizileri ve 1-0 verileri kullanılarak filogenetik analizler bilgisayar başında bireysel olarak uygulanacaktır.
15:30 – 16:00 Çay - Kahve Arası
16:00 – 17:30 NGS'nin Bitki Patolojisinde Kullanımı (Teorik) (ÇUS)
Ders İçeriği: Virüs, Fungus ve Bakteriyel etmenler için klasik ve moleküler tanı ile NGS yönteminin avantaj ve dezavantajları metodoloji ve örnek çalışmalar üzerinden anlatılacaktır.
29 Eylül 2021 Çarşamba
09:00 – 10:30 Biyoinformatiğin Gücü: CRISPR-Cas9 Teknolojisi ve Fitopatolojide Kullanımı (Teorik) (Bİ)
Ders İçeriği: CRISPR-Cas9 mekanizması ve teknolojileri ile biyoinformatik uygulamaları hakkında teorik bilgiler verilecek, tekniğin fitopatolojideki kullanım olanakları örnekler üzerinden anlatılacaktır.
10:30 – 11:00 Çay - Kahve Arası
11:00 – 12:30 NGS İçin Kullanılan Farklı Nükleik Asit Tipleri (Teorik) (AY)
Ders İçeriği: Fungal, Viral ve Bakteriyel bitki patojenlerin NGS analizinde kullanılan farklı nükleik asit tipleri (DNA, Total RNA, dsRNA, siRNA, VANA) ile avantaj ve dezavantajları hakkında bilgi verilecek ve hangi bitki patojeni için hangi nükleik asit tipinin seçilmesi gerektiği çalışmalar üzerinden örneklerle anlatılacaktır.
12:30 – 14:00 Öğle Yemeği
14:00 – 15:30 NGS İçin Örnek Hazırlama, Nükleik Asit İzolasyon Yöntemleri ile Kalite ve Miktar Ölçümleri (Teorik) (AY)
Ders İçeriği: NGS için örnek hazırlama sürecinde dikkat edilmesi gereken önemli basamaklar ile NGS analizleri için kullanılan DNA, Total RNA, dsRNA, siRNA ve VANA izolasyon yöntemleri ile nükleik asitlerin miktar ve kalite ölçümü kullanılan yöntemler ve örnek çalışmalar üzerinden detaylı olarak anlatılacaktır.
15:30 – 16:00 Çay - Kahve Arası
16:00 – 17:30 NGS İçin cDNA Kütüphanelerinin Oluşturulması (Teorik)(AY)
Ders İçeriği: DNA, SiRNA, total RNA, dsRNA ve VANA için kullanılan ticari cDNA kütüphane kitlerinin tanıtımı, cDNA kütüphane oluşturma metodolojisi ve kalite kontrolleri hakkında bilgiler anlatılacaktır.
30 Eylül 2021 Perşembe
09:00 – 10:30 Bitki Patolojisinde Kullanılacak NGS Platformunun Seçim Kriterleri (Teorik) (AY)
Ders İçeriği: Fitopatolojide virüs, bakteri ve fungal patojenler için çalışmanın amacı, ihtiyaç duyulan okuma büyüklüğü, okuma derinliği gibi kriterlere göre uygun NGS platformunun seçimi ve platform kapasitesine göre çalışılabilecek örnek sayısının belirlenmesi anlatılacaktır.
10:30 – 11:00 Çay - Kahve Arası
11:00 – 12:30 NGS Veri Analiz Programları (Teorik) (SÖ)
Ders İçeriği: Linux ve Windows tabanlı işletim sistemlerinde çalışan NGS Verilerinin analizinde kullanılan programlar, özellikleri ve kullanım amaçları hakkında bilgiler verilecektir.
12:30 – 14:00 Öğle Yemeği
14:00 – 15:30 Geneious Prime'a Giriş (Teorik ve Uygulama) (SÖ)
Ders İçeriği: Geneious Prime Programının deneme versiyonu ve programın eklentilerinin kişisel bilgisayarlara kurulumu gerçekleştirilecek olup kurulumun ardından interaktif olarak programın ana panelleri, menüleri hakkında bilgiler, klasör ve alt klasör oluşturma, genom veri bankasının programa yüklenmesi, veri dosyası yükleme, veri dosyalarını yedekleme gibi programın çalışması hakkında genel bilgiler uygulamalı olarak örnek veri dosyası üzerinden anlatılacaktır
15:30 – 16:00 Çay - Kahve Arası
16:00 – 17:30 Ham Veri Dosyasının Kalite Kontrolleri, Adaptörlerin Temizlenmesi ve Veri Dosyasının Çalışmaya Hazır Hale Getirilmesi (Uygulama) (ÇUS)
Ders İçeriği: Programa yüklenen veri dosyalarından sekans adaptörlerinin ve düşük kalitedeki okumaların BBDuk programı ile temizlenmesi, Total RNA verisi için konukçu genomu eleminasyonu (CLC Genomic Workbench), birden fazla tekrarlanan sekansların eliminasyonu, paired reads olarak yüklenen veri doslayarındaki sekansların birleştirilmesi ile ilgili bilgisayarda bireysel uygulama yapılacaktır.
01 Ekim 2021 Cuma
09:00 – 10:30 DeNovo Assembly Araçları ve DeNovo Assembly Analizi (Teorik ve Uygulama) (SÖ)
Ders İçeriği: Kısa ve Uzun Okumalar için kullanılan DeNovo Assembly yöntemlerinin teorik anlatımının ardından, örnek siRNA ve Total RNA verisi ile bilgisayar üzerinden bireysel uygulama olarak DeNovo Assembly analizi yapılacaktır. DeNovo Assembly analizi ardından elde edilen contigler, programın BLAST modülü kullanılarak genom veri bankasında sorgulanacak, sorgu sonuçları değerlendirilecektir.
10:30 – 11:00 Çay - Kahve Arası
11:00 – 12:30 NGS Verilerinin Referans Genoma Haritalanmasında Kullanılan Araçlar ve Genom Haritalama Analizleri (Teorik ve Uygulama) (SÖ)
Ders İçeriği: siRNA ve Total RNA NGS okuma verilerinin seçilen referans genomlara haritalanmasında kullanılan yöntemlerin anlatımının ardından SiRNA ve Total RNA NGS verileri ile bilgisayar üzerinden bireysel uygulama ile genom haritalama analizleri gerçekleştirilecektir.
12:30 – 14:00 Öğle Yemeği
14:00 – 15:30 Tüm Genomun Elde Edilmesine Yönelik Çalışmalar ve Primer Tasarımı (Teorik ve Uygulama) (ÇUS)
Ders İçeriği: Genom Haritalalama Analizi sonucunda NGS okumaları ile tamamlanamayan patojene ait genom bilgisinin elde edilmesi için primer tasarımının teorik olarak anlatılmasının ardından, NGS verisinden primer tasarımı ve sanger sekans sonuçlarının NGS verisi ile birleştirilerek tüm genomun elde edilmesine yönelik analizler bilgisayar başında bireysel olarak uygulanacaktır.
15:30 – 16:00 Çay - Kahve Arası
16:00 – 17:30 Bilinmeyen Bitki Virüslerinin NGS ile Teşhisi (Teorik ve Uygulama) (ÇUS)
Ders İçeriği: Yeni patojenlerin NGS ile teşhisinde kullanılan metodoloji ve teşhis süreci örnek bitki patojenleri üzerinden anlatılacak, ardından NGS verisi üzerinden bilgisayar başında uygulama yapılacaktır.