Tıbbi atıkların bertarafı için Niğde ilinde belediye tarafından yetkilendirilmiş firma ile protokol imzalanmıştır. Tıbbi atıklar oluştuğu birimde dışarı çıkartılmadan muhafaza edilmekte MoTAT sisteminden yetkili firma çağırılmakta ve atığın oluştuğu noktada tıbbi atık firmaya teslim edilmektedir.